対処
次の方法で強引に解決した。
export C_INCLUDE_PATH=\ /Applications/Xcode.app\ /Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs\ /MacOSX.sdk/usr/include/libxml2:$C_INCLUDE_PATH pipenv run pip install lxml
理由は、あれだ。macOSのバージョンがうまく解決できないので、pyenv で作ったpythonが古い。
libxml とかコアなので、エラーになるとすごく焦る
とりあえず、インストールしちゃえば libxml 依存するパッケージ。例えばimg2pdf など
pipenv run img2pdf -h
などとちゃんと動く